Scripts to reproduce the analysis in the paper 'AP-1 drives a recurrent drug persister state in triple negative breast cancer' by Baudre et al.
In order to re-run the analysis from the paper you must first download this repository. Then, at the base of the repository, download the processed data (e.g. count matrices) from GSEXXXXX / EGAXXXX, and place it in the Input folder. In the Input folder, each kind of data should be placed in the appropriate directory. The following hiearchy and naming should be kept:
.
├── Annotations
│ ├── EnsDB.All.bed.df
│ ├── H12CORE_meme_format.meme
│ ├── Peaks_Common
│ │ ├── Peaks_MACS2_Common_FOSL1.bed
│ │ ├── Peaks_MACS2_Common_H3K27ac.bed
│ │ └── Peaks_MACS2_Common_H3K27ac_&_FOSL1.bed
│ ├── Peaks_Individual
│ │ ├── Peaks_MACS2_FOSL1_5FU_VF2_peaks.narrowPeak
│ │ ├── Peaks_MACS2_FOSL1_GOF_VF2_peaks.narrowPeak
│ │ ├── Peaks_MACS2_FOSL1_GOFctrl_VF2_peaks.narrowPeak
│ │ ├── Peaks_MACS2_FOSL1_VPR_VF2_peaks.narrowPeak
│ │ ├── Peaks_MACS2_FOSL1_VPRctrl_VF2_peaks.narrowPeak
│ │ ├── Peaks_MACS2_FOSL1_WT_VF2_peaks.narrowPeak
│ │ ├── Peaks_MACS2_H3K27ac_5FU_VF2_peaks.narrowPeak
│ │ ├── Peaks_MACS2_H3K27ac_GOF_VF2_peaks.narrowPeak
│ │ └── Peaks_MACS2_H3K27ac_WT_VF2_peaks.narrowPeak
│ └── TFs_network_CollecTRI.csv
├── Input
│ └── hg38
│ ├── Cell_lines
│ │ ├── Bulk_CutTag
│ │ │ ├── BAM
│ │ │ │ ├── MM468_ATCC_hu_5FU_d35_AM_m10y22_H3K27ac.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_ATCC_hu_5FU_d35_AM_m10y22_H3K27ac.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_ATCC_hu_WT_AM_m10y22_H3K27ac.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_ATCC_hu_WT_AM_m10y22_H3K27ac.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_AM_m10y22_HA.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_AM_m10y22_HA.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n1_AM_m04y23_H3K27ac.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n1_AM_m04y23_H3K27ac.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n2_AM_m04y23_H3K27ac.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n2_AM_m04y23_H3K27ac.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n2_AM_m04y23_HA.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n2_AM_m04y23_HA.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n3_AM_m04y23_H3K27ac.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n3_AM_m04y23_H3K27ac.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n3_AM_m04y23_HA.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n3_AM_m04y23_HA.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_VPRFOSL1g3_GOF_n1_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_VPRFOSL1g3_GOF_n1_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_VPRctrl_GOF_n1_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_VPRctrl_GOF_n1_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n1_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n1_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n2_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n2_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n2_AM_m04y23_H3K27ac.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n2_AM_m04y23_H3K27ac.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n3_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n3_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n3_AM_m04y23_H3K27ac.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n3_AM_m04y23_H3K27ac.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n1_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n1_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n2_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n2_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n2_AM_m04y23_H3K27ac.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n2_AM_m04y23_H3K27ac.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n3_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n3_AM_m04y23_FOSL1.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n3_AM_m04y23_H3K27ac.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n3_AM_m04y23_H3K27ac.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_pcr275_GOF_AM_m10y22_HA.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_pcr275_GOF_AM_m10y22_HA.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_pcr276_GOF_n2_AM_m04y23_HA.sorted.bam
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_pcr276_GOF_n2_AM_m04y23_HA.sorted.bam.bai
│ │ │ │ ├── MM468_NB_hu_pcr276_GOF_n3_AM_m04y23_HA.sorted.bam
│ │ │ │ └── MM468_NB_hu_pcr276_GOF_n3_AM_m04y23_HA.sorted.bam.bai
│ │ │ └── Bigwigs
│ │ │ ├── MM468_ATCC_hu_5FU_d35_AM_m10y22_H3K27ac.bw
│ │ │ ├── MM468_ATCC_hu_WT_AM_m10y22_H3K27ac.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_AM_m10y22_HA.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n1_AM_m04y23_H3K27ac.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n2_AM_m04y23_H3K27ac.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n2_AM_m04y23_HA.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n3_AM_m04y23_H3K27ac.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_FOSL1_GOF_n3_AM_m04y23_HA.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_VPRFOSL1g3_GOF_n1_AM_m04y23_FOSL1.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_VPRctrl_GOF_n1_AM_m04y23_FOSL1.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n1_AM_m04y23_FOSL1.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n2_AM_m04y23_FOSL1.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n2_AM_m04y23_H3K27ac.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n3_AM_m04y23_FOSL1.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_5FU_d35_n3_AM_m04y23_H3K27ac.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n1_AM_m04y23_FOSL1.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n2_AM_m04y23_FOSL1.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n2_AM_m04y23_H3K27ac.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n3_AM_m04y23_FOSL1.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_WT_d0_n3_AM_m04y23_H3K27ac.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_pcr275_GOF_AM_m10y22_HA.bw
│ │ │ ├── MM468_NB_hu_pcr276_GOF_n2_AM_m04y23_HA.bw
│ │ │ └── MM468_NB_hu_pcr276_GOF_n3_AM_m04y23_HA.bw
│ │ └── scRNAseq
│ │ ├── BT20_chemonaive_barcodes.tsv.gz
│ │ ├── BT20_chemonaive_features.tsv.gz
│ │ ├── BT20_chemonaive_matrix.mtx.gz
│ │ ├── BT20_persister_barcodes.tsv.gz
│ │ ├── BT20_persister_features.tsv.gz
│ │ ├── BT20_persister_matrix.mtx.gz
│ │ ├── HCC38_chemonaive_barcodes.tsv.gz
│ │ ├── HCC38_chemonaive_features.tsv.gz
│ │ ├── HCC38_chemonaive_matrix.mtx.gz
│ │ ├── HCC38_persister_barcodes.tsv.gz
│ │ ├── HCC38_persister_features.tsv.gz
│ │ ├── HCC38_persister_matrix.mtx.gz
│ │ ├── MM468_5FU1_day33_barcodes.tsv.gz
│ │ ├── MM468_5FU1_day33_features.tsv.gz
│ │ ├── MM468_5FU1_day33_matrix.mtx.gz
│ │ ├── MM468_5FU2_day67_barcodes.tsv.gz
│ │ ├── MM468_5FU2_day67_features.tsv.gz
│ │ ├── MM468_5FU2_day67_matrix.mtx.gz
│ │ ├── MM468_5FU3_day50_barcodes.tsv.gz
│ │ ├── MM468_5FU3_day50_features.tsv.gz
│ │ ├── MM468_5FU3_day50_matrix.mtx.gz
│ │ ├── MM468_5FU3_day77_barcodes.tsv.gz
│ │ ├── MM468_5FU3_day77_features.tsv.gz
│ │ ├── MM468_5FU3_day77_matrix.mtx.gz
│ │ ├── MM468_GOF
│ │ │ ├── MM468_GOF_assignment_confidence_table.csv
│ │ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ │ ├── features.tsv.gz
│ │ │ └── matrix.mtx.gz
│ │ ├── MM468_chemonaive_barcodes.tsv.gz
│ │ ├── MM468_chemonaive_features.tsv.gz
│ │ └── MM468_chemonaive_matrix.mtx.gz
│ └── PDX
│ └── RNA
│ ├── BulkRNAseq
│ │ ├── HBCx14_AC_rawmat.csv
│ │ ├── HBCx14_Carboplatin_rawmat.csv
│ │ ├── HBCx14_Cisplatin_rawmat.csv
│ │ └── HBCx14_chemonaive_rawmat.csv
│ ├── Microarray
│ │ ├── HBCx10_AC_rawmat.csv
│ │ ├── HBCx10_chemonaive_rawmat.csv
│ │ ├── HBCx33_Capecitabine_rawmat.csv
│ │ ├── HBCx33_Cisplatin_rawmat.csv
│ │ └── HBCx33_chemonaive_rawmat.csv
│ └── scRNAseq
│ ├── HBCx172_Capecitabine
│ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ ├── features.tsv.gz
│ │ └── matrix.mtx.gz
│ ├── HBCx172_chemonaive
│ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ ├── features.tsv.gz
│ │ └── matrix.mtx.gz
│ ├── HBCx218_AC
│ │ ├── features.tsv.gz
│ │ ├── matrix.mtx.gz
│ │ └── web_summary.html
│ ├── HBCx218_chemonaive
│ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ ├── features.tsv.gz
│ │ └── matrix.mtx.gz
│ ├── HBCx221_Capecitabine
│ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ ├── features.tsv.gz
│ │ └── matrix.mtx.gz
│ ├── HBCx221_chemonaive
│ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ ├── features.tsv.gz
│ │ └── matrix.mtx.gz
│ ├── HBCx39_Capecitabine
│ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ ├── features.tsv.gz
│ │ └── matrix.mtx.gz
│ ├── HBCx39_chemonaive
│ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ ├── features.tsv.gz
│ │ └── matrix.mtx.gz
│ ├── HBCx95_Capecitabine
│ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ ├── features.tsv.gz
│ │ └── matrix.mtx.gz
│ └── HBCx95_chemonaive
│ ├── barcodes.tsv.gz
│ ├── features.tsv.gz
│ └── matrix.mtx.gz
├── Output
│ ├── Figs
│ │ └── hg38
│ │ ├── Cell_lines
│ │ │ ├── Bulk_CutTag
│ │ │ └── scRNAseq
│ │ └── PDX
│ │ └── RNA
│ │ ├── BulkRNAseq
│ │ ├── Common_Analysis
│ │ ├── Microarray
│ │ └── scRNAseq
│ └── Objects
│ └── hg38
│ ├── Cell_lines
│ │ ├── Bulk_CutTag
│ │ └── scRNAseq
│ └── PDX
│ └── RNA
│ ├── BulkRNAseq
│ ├── Common_Analysis
│ ├── Microarray
│ └── scRNAseq
│ ├── HBCx172_Capecitabin
│ ├── HBCx172_chemonaive
│ ├── HBCx218_AC
│ ├── HBCx218_chemonaive
│ ├── HBCx221_Capecitabin
│ ├── HBCx221_chemonaive
│ ├── HBCx39_Capecitabin
│ ├── HBCx39_chemonaive
│ ├── HBCx95_Capecitabin
│ └── HBCx95_chemonaive
├── README.md
├── Scripts
│ ├── global_var.R
│ └── hg38
│ ├── Cell_lines
│ │ ├── Bulk_CutTag
│ │ │ ├── Analysis.Rmd
│ │ │ └── QCs_&_Objects.Rmd
│ │ └── scRNAseq
│ │ ├── Analysis.Rmd
│ │ └── QCs_&_Objects.Rmd
│ └── PDX
│ └── RNA
│ ├── Common_Analysis.Rmd
│ ├── QCs_&_Objects_BulkRNAseq.Rmd
│ ├── QCs_&_Objects_Microarray.Rmd
│ └── QCs_&_Objects_scRNAseq.Rmd
Please refer to the scripts if you have doubts where you should place your input files. All R packages used in the analysis are loaded by sourcing global_var.R. If you don't have them already installed on your laptop, please install them before running the analysis.
For this Analysis, please start by running each of the 3 scripts QCs&Objects_XXX.Rmd, and then run Common_Analysis.Rmd. Scripts in this section mainly refers to what was used to produce Fig.1, Fig.2, Supp.Fig.1 & Supp.Fig.2 in the paper.
For this Analysis, please start by running the script QCs&Objects.Rmd, and then run Analysis.Rmd. Scripts in this section mainly refers to what was used to produce Fig.3, Fig.5, Supp.Fig.3 & Supp.Fig.5 in the paper.
For this Analysis, please start by running the script QCs&Objects.Rmd, and then run Analysis.Rmd. Scripts in this section mainly refers to what was used to produce Fig.3, Fig.5, Supp.Fig.3 & Supp.Fig.5 in the paper.