Create PO2PLS_gen3.R

R/PO2PLS_gen3.R

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+library(OmicsPLS)
+library(PO2PLS)
+
+# p <- 10
+# q <- 11
+# p3 <- 12
+# r <- 1
+# rx <- 1
+# ry <- 1
+# prm <- generate_params(p, q, r, rx, ry)
+# prm3 <- generate_params(p, p3, r, rx, ry)
+# 
+# prm
+# prm3
+
+
+gen_par3 <- function(p1, p2, p3, r, rx1, rx2, rx3, alpha = 0.1){
+  prm <- generate_params(p1, p2, r, rx1, rx2, alpha)
+  prm3 <- generate_params(p3, p2, r, rx3, rx2, alpha)
+  list(W1 = prm$W, 
+       W2 = prm$C,
+       W3 = prm3$W,
+       Wo1 = prm$Wo,
+       Wo2 = prm$Co,
+       Wo3 = prm3$Wo,
+       SigT = prm$SigT,
+       SigTo1 = prm$SigTo,
+       SigTo2 = prm$SigUo,
+       SigTo3 = prm3$SigTo,
+       sig2E1 = prm$sig2E,
+       sig2E2 = prm$sig2F,
+       sig2E3 = prm3$sig2E
+       )
+}
+
+gen_dat3 <- function(N, params){
+  W1 <- params$W1
+  W2 <- params$W2
+  W3 <- params$W3
+  Wo1 <- params$Wo1
+  Wo2 <- params$Wo2
+  Wo3 <- params$Wo3
+
+  r <- ncol(W1)
+  rx1 <- ncol(Wo1)
+  rx2 <- ncol(Wo2)
+  rx3 <- ncol(Wo3)
+  p1 <- nrow(W1)
+  p2 <- nrow(W2)
+  p3 <- nrow(W3)
+
+  SigT = params$SigT
+  SigTo1 = params$SigTo1 + 1e-06 * SigT[1] * (params$SigTo1[1] == 0)
+  SigTo2 = params$SigTo2 + 1e-06 * SigT[1] * (params$SigTo2[1] == 0)
+  SigTo3 = params$SigTo3 + 1e-06 * SigT[1] * (params$SigTo3[1] == 0)
+
+  Tt <- matrix(rnorm(N * r), N, r) %*% chol(SigT)
+  To1 <- matrix(rnorm(N * rx1), N, rx1) %*% chol(SigTo1)
+  To2 <- matrix(rnorm(N * rx2), N, rx2) %*% chol(SigTo2)
+  To3 <- matrix(rnorm(N * rx3), N, rx3) %*% chol(SigTo3)
+
+  E1 <- matrix(rnorm(N * p1), N, p1) * sqrt(params$sig2E1)
+  E2 <- matrix(rnorm(N * p2), N, p2) * sqrt(params$sig2E2)
+  E3 <- matrix(rnorm(N * p3), N, p3) * sqrt(params$sig2E3)
+
+  X1 <- Tt %*% t(W1) + To1 %*% t(Wo1) + E1
+  X2 <- Tt %*% t(W2) + To2 %*% t(Wo2) + E2
+  X3 <- Tt %*% t(W3) + To3 %*% t(Wo3) + E3
+
+  return(list(X1 = X1, X2 = X2, X3 = X3))
+
+}
+
+# prm <- gen_par3(10, 11, 12, 2, 1, 1, 1, alpha = 0.1)
+# dat <- gen_dat3(100, prm)
+
+
+