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pkuNucExp/server

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README

  • 如果需要其它软件/版本,请联系管理员安装。
  • 安装多版本及多版本的任意切换,目的在于对软件进行测试。ROOT/GEANT4属于发展中的软件,还有很多问题,当你发现程序存在问题一直无法解决时,可以更换其它版本测试是否是该版本存在问题。

Environment modules 提供了一种设置shell环境(PATH, MANPATH, INCLUDE, LD_LIBRARY_PATH)的方法,通过使用module命令,来设置和取消你的路径和环境变量。

记住以下常用命令

module avail   #显示可以使用的模块 
module load    #加载模块 
module unload  #卸载模块 
module list    #显示已经加载的模块

加载配置

在命令行中执行以下命令查看当前可加载的软件

module avail

服务器30 为例,你将会看到如下

------------------------ /usr/share/Modules/modulefiles ------------------------
dot         module-git  module-info modules     null        use.own

------------------------------- /etc/modulefiles -------------------------------
cmake/3.14.5      geant4/4.10.01p03 geant4/4.9.6p04   root/6.12.06
cmake/3.7.2       geant4/4.10.02p03 mpich-x86_64      root/6.16.00
gcc/4.9.4         geant4/4.10.03p03 python/2.7.16
gcc/7.3.0         geant4/4.10.04p03 python/3.6.9
geant4/4.10.00p04 geant4/4.10.05p01 root/5.34.38

例如你想使用 root5.34.38,则输入以下命令即可加载所需的环境

module load root/5.34.38

服务器 30 与 服务器 64 由于系统版本不同,30 系统自身软件版本较低,因此在使用 30 服务器时,需要加载的配置多一些。每个人根据使用的服务器查看以下对应的说明即可。

例如你想使用 geant4.10.04p03,则 服务器30 输入以下命令即可加载所需的环境

module load gcc/4.9.4
module load cmake/3.7.2
module load geant4/4.10.04p03

服务器64 则只需要输入以下命令即可

module load geant4/4.10.04p03

当然,每次打开终端都要这样配置也没有必要,可将常用软件版本配置添加在 .bashrc 文件中。如何配置请看以下对应服务器的说明。

服务器 30

安装多版本的软件有

  • gcc
    • 4.4.7 系统默认
    • 4.9.4 (ok)
    • 7.3.0 (ok)
  • cmake
    • 2.8.12.2 系统默认
    • 3.7.2 (ok)
    • 3.14.5 (ok) 依赖gcc4.9.4
  • python
    • 2.6.6 系统默认
    • 2.7.16 (ok)
    • 3.6.9 (ok)
  • root
    • 5.34.38 (ok)
    • 6.12.06 (ok) 依赖gcc4.9.4,cmake3.7.2,python3.6.9
    • 6.16.00 (no) 依赖gcc4.9.4,cmake3.7.2,python3.6.9
  • geant4
    • 4.9.6p04 (ok) 依赖gcc4.9.4,cmake3.7.2
    • 4.10.00p04 (ok) 依赖gcc4.9.4,cmake3.7.2
    • 4.10.01p03 (ok) 依赖gcc4.9.4,cmake3.7.2
    • 4.10.02p03 (ok) 依赖gcc4.9.4,cmake3.7.2
    • 4.10.03p03 (ok) 依赖gcc4.9.4,cmake3.7.2
    • 4.10.04p03 (ok) 依赖gcc4.9.4,cmake3.7.2
    • 4.10.05p01 (ok) 依赖gcc4.9.4,cmake3.7.2

软件后面注释的软件依赖,意味着你要使用该软件,则需要加载相对应的依赖软件。

懒人模式,快速配置 ROOT/GEANT4,在 .bashrc 添加以下配置即可

## 根据需要选择想要的版本

module load root/5.34.38

module load gcc/4.9.4
module load cmake/3.7.2
module load geant4/4.10.04p03

记得删除 .bashrc 中之前 source 的配置。

服务器 64

安装多版本的软件有

  • gcc
    • 4.9.2 系统默认
    • 7.3.0 (ok)
    • 9.3.0 (ok)
  • cmake
    • 3.10.3 系统默认
  • emacs
    • 24.3.1 系统默认
  • python
    • 2.7.5 系统默认(python2)
    • 3.6.8 系统默认(python3)
  • vim
    • 7.4 系统默认
    • 8.0 (ok)
  • root
    • 5.34.38 (ok)
    • 6.06.08 (ok)
    • 6.12.06 (ok)
    • 6.14.06 (ok)
    • 6.16.00 (ok)
    • 6.20.06 (ok)
  • geant4
    • 4.9.6p04 (ok)
    • 4.10.00p04 (ok)
    • 4.10.01p03 (ok)
    • 4.10.02p03 (ok)
    • 4.10.03p03 (ok)
    • 4.10.04p03 (ok)
    • 4.10.05p01 (ok)
    • 4.10.06p03 (ok)
    • 4.10.07p03 (ok)
  • opencv
    • 4.4.0 (ok)

懒人模式,快速配置 ROOT/GEANT4,在 .bashrc 添加以下配置即可

## 根据需要选择想要的版本

module load root/5.34.38

module load geant4/4.10.04p03

记得删除 .bashrc 中之前 source 的配置。

下图为吴鸿毅在服务器64上的个人配置

bashrc

关于 jupyter

首先找管理管分配端口号。

然后复制参考配置文件 /data/d3/README/jupyter_notebook_config.py 到服务器上个人的某个文件夹。该文件夹为您 jupyter 的根目录。

文件的头部会有端口、密码的配置。

#将 8888 改成您的端口号
c.NotebookApp.port = 8888

查询个人分配的端口 端口号查询

如果需要设置访问密码

#设置访问密码 本设置的密码为 wuhongyi ,需要修改成您自己的密码
c.NotebookApp.password = u'sha1:b4312c4fb8b5:e239f220fa9fc697668ec3dc71b4180ee8854dac'

如果没有设置密码(将该行设置注释掉),那么在访问网页的时候,会要求输入 token ,token 在终端的输出信息中有。

建议配置个人密码,方便访问。生成密码的方式如下:

打开ipython, 创建一个密文密码

In [1]: from notebook.auth import passwd

In [2]: passwd()
Enter password: 
Verify password: 
Out[2]: 'sha1:ecff44b879cd:35b5b64072d286b66f0d8f84a41dbf7515d21755'

把生成的密文 sha1:ec… 复制下来替换成以上配置文件中的密码。

完成以上配置之后,即可启动 jupyter。将终端进入到放置 jupyter_notebook_config.py 文件的目录。然后执行以下命令:

root --notebook

之后,您可在任意电脑中通过 xxx.xxx.xxx.64:8888 来访问。(其中xxx 为 64 服务器 IP,8888 替换成您的端口号)

如果要让该服务保持在后台,可以使用 screen 命令。

其它软件

关于网络

30/64 服务器为数据处理服务器,为了安全,没有直接连上公网,当前通过我们的28网络服务器来作为中转。

如果你需要访问外网下载或者上传数据,则在 .bashrc 添加以下配置即可

#添加Proxy代理信息
export http_proxy=http://162.105.151.28:3128/
export https_proxy=http://162.105.151.28:3128/

关于如何配置多版本

如果你对如何实现软件多版本配置感兴趣,可查看 /etc/modulefiles 目录下的配置,以及 Baidu/Google 关键词 Environment Modules

并行编程指南

写了一份并行编程指南,讲解并行编程和如何使用CUDA。

点击这里!

一些例子程序在 ->这里<-

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