IsoplotRgui

这个项目是 IsoplotR 这一软件的图形界面. IsoplotR 是一个自由的开源软件,用于同位素地球化学和地质年代学数据处理,由Pieter Vermeesch开发, 是对 Kenneth Ludwig 当年所开发的 Excel 插件 Isoplot 的替代品.

Ubuntu 18.04 server/desktop 下的安装指南

你首先需要在电脑里安装好R(参考 http://r-project.org). 而且推荐你安装最新版本的.

这就需要你在终端内运行下面的代码先导入密钥:

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

导入了上面的密钥之后, 你需要编辑源列表, 用编辑器(下面以nano为例)来添加新的源:

nano /etc/apt/sources.list

上面的命令是运行nano编辑器打开源列表文件, 然后在最上面粘贴上下面的代码:

# add bionic R3.5
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/

以nano为例, Ctrl+O保存, Ctrl+X退出.

退出了之后要更新一下列表:

install.packages('devtools')
install.packages('shiny')

sudo apt update

然后就要安装R语言和一些重要的依赖包了(这里要注意一定要安装第二行的那些依赖包,否则后续的devtool没发成功安装):

sudo apt install r-base r-base-dev
sudo apt install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev gdebi git

上面的基础包安装完了之后, 就需要安装 devtools 包,这样才能从 Github 来安装 IsoplotRgui 在内的各种软件. 这里你需要运行下面的命令来安装 devtools (注意这里是在终端调用R来运行的, 不用去进入R就可以, 这样安装的包所有用户都能用,用来构建服务器必须这样安装):

sudo su - -c "R -e \"install.packages('devtools',repos='http://cran.rstudio.com/')\""

安装完了devtool 之后, 就要安装 shiny 1.2.0 版本, 目前最新版本的 shiny 和IsoplotRgui以及IsoplotR的服务器也不兼容,必须用下面这行代码所指定的1.2.0版本才可以

#sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny',repos='http://cran.rstudio.com/')\""
#sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('rstudio/shiny',force=TRUE)\""
#上面这两行是安装最新版 shiny 用的命令, 现在不兼容
sudo su - -c "R -e \"devtools::install_version('shiny',version = '1.2.0', repos = 'http://cran.rstudio.com/')\""

上面的两个项目安装完毕之后,就是要安装IsoplotR以及IsoplotRgui了:

sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('pvermees/IsoplotR',force=TRUE)\""
sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('pvermees/IsoplotRgui',force=TRUE)\""

运行 IsoplotRgui

上面的都安装好了之后, 就可以终端中启动R, 然后在R中运行下面的代码来启动 IsoplotRgui了:

library(IsoplotRgui)
IsoplotR()

如果你安装不成功又着急用, 可以使用志愿者们搭建提供的服务器:

http://isoplotr.london-geochron.com

自建服务器

这部分内容参考 IsoplotRserver。

下面的是更新脚本样例：

# i. 从 Github 更新 IsoplotR :
sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('pvermees/IsoplotR',force=TRUE)\""

# ii. 从 Github 克隆 IsoplotRgui 到 /tmp:
cd /tmp
git clone https://github.com/pvermees/IsoplotRgui

# iii. 把 app 目录复制到 shiny-server 目录下:
cd IsoplotRgui/inst/shiny-examples/myapp
sudo cp -R www /srv/shiny-server/IsoplotR
sudo cp -R server.R /srv/shiny-server/IsoplotR

# iv. 清理然后重启 shiny-server
sudo rm -rf /tmp/IsoplotRgui
sudo systemctl restart shiny-server

3. 使用下面的命令来运行 IsoplotR.sh 这个脚本就可以更新:

cd /srv/shiny-server
mkdir IsoplotR
chmod 755 IsoplotR.sh
./IsoplotR.sh

IsoplotR 的服务器就可以通过 http://localhost:3838/IsoplotR 来访问了，注意这里的文件目录和之前的稍有不同，输入地址的时候别输入错了。

4. 使用 crontab 可以定时更新，首先在终端输入 crontab -e ，然后输入:

# Minute    Hour   Day of Month    Month            Day of Week           Command
# (0-59)   (0-23)    (1-31)    (1-12 or Jan-Dec) (0-6 or Sun-Sat)
    0        0         *             *                  0        /srv/shiny-server/IsoplotR.sh

这样就可以每周日自动更新到 GitHub 上面最新的 IsoplotR 和 IsoplotRgui。

更多信息

请参考 http://isoplotr.london-geochron.com

作者

Pieter Vermeesch

中文翻译 CycleUser

授权协议

本项目使用 GPL-3 协议.