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Graph Networks por Benjamin Sanchez-Lengeling

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PAGuardado/GraphNeuralNets_19

 
 

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Repositorio template para un workshop en RIIAA '19

Este repositorio de github contiene material para un workshop plantilla dentro de la RIIAA '19. Para utilizarlo en tu propio taller, sigue a la siguiente sección. Nunca has usado github o markdown o jupyter/colab? Hay muchas guías en línea para usar estas tecnologías, algunas recomendaciones:

Mas dudas?, escríbele a los organizadores :) o pon un github issue.

Cómo usarlo para mi propio taller?

  1. Crea tu propio github repo.
  2. Clona este repo.
  3. Copia los archivos a tu repo, elimina los archivos que no sean necesario (hay algunos de ejemplo).
  4. Edita y llena el repo con datos/código/notebooks y un README.md especifico para tu taller.

Organización del repositorio

La estructura está inspirado en una versión lite de cookie cutter data science project:

  • data/: folder de datos para tu taller. Es recomendable enfocarse en un dataset o dos durante el workshop (vs varios), asi los talleristas podrán profundizar en aspectos específico de los datos y después enfocar su atención a la parte algorítmica/teoria del taller.
  • code/: funciones de utilidad para usar en los notebooks.
  • notebook/: jupyter notebooks que se pueden lanzar en colab. Enumera los notebook en orden de uso.
  • media/: imagenes para usar en tus notebooks y repo.
  • environment.yml: archivos anaconda para replicar el software stack localmente.
  • README.md: archivo markdown de entrada para la pagina y tu taller.

Mejoras? sugerencias?

Manda un pull request, lo evaluaremos, empezaremos una discusion y si es buena idea lo incorporaremos.

Instrucciones para estudiantes

Las siguientes instrucciones se pueden copiar.

La mayoría de las prácticas de los talleres se desarrollarán en Python 3.7+ usando la biblioteca Tensorflow 2.0, que adopta Keras como interfaz de alto nivel para construir y entrenar redes neuronales.

Cosas para preparar

  • Una laptop.
  • Este repositorio de GitHub clonado y actualizado antes del taller.
  • Un sentido aventurero en los datos.
  • Un ambiente Python 3.7+ con Anaconda (ver opciones 1 y 2 abajo).

Los talleres serán impartidos usando notebooks de Jupyter, documentos con código ejecutable, texto, ecuaciones, visualizaciones, imágenes y demás material. Los notebooks se pueden crear y ejecutar en la nube vía Google Colab (opción 1) o de manera local en tu computadora a través de Jupyter Notebooks (opción 2).

Opcion 1: Google Colab

Colab es un servicio de Google para ejecutar notebooks en la nube. Provee ambientes de Python 2 y 3 con CPUs, GPUs y TPUs. ¡Y es gratis! Solo necesitas tener una cuenta de Google o crear una.

Recomendamos que elijas un ambiente con Python 3 y GPU. Para activarlo:

  • Abre el menú Entorno de ejecución
  • Elige la opción Restablecer todos los entornos de ejecución... .
  • Vuelve a abrir Entorno de ejecución
  • Elige Cambiar tipo de entorno de ejecución
  • Selecciona Python 3 como Tipo de ejecución y GPU de la lista de Acelerador por hardware

La siguiente captura de pantalla ilustra este proceso.

En Colab puedes crear un nuevo notebook, subir uno existente desde tu computadora o importarlo de Google Drive o GitHub.

Opcion 2: Ambiente local

Para tener la versión de Python 3.7+ y todas las bibliotecas instaladas en cualquier plataforma, recomendamos que uses Anaconda y generes un ambiente con el archivo environment.yml de este repositorio usando una terminal y el comando:

conda env create -n riiaa19 -f environment_cpu.yml

Cambia el nombre riia19 por tu nombre favorito para el ambiente. Si cuentas con un GPU Nvidia y deseas aprovecharlo cambia el archivo environment_cpu.yml a environment_gpu.yml.

Para activar el ambiente que creaste, en una terminal ingresa el comando

conda activate riiaa19

Una vez activado, puedes ejecutar la aplicación de Jupyter Notebook

jupyter notebook

Este comando abrirá una pestaña o ventana en tu navegador web, como se muestra en la siguiente captura de pantalla:

Al igual que en Google Colab, puedes crear un nuevo notebook seleccionando el botón New y posteriormente Python 3. De forma alternativa, puedes abrir uno existente seleccionando el archivo del notebook (con extensión .ipynb) dentro del directorio donde ejecutaste Jupyter Notebook. Con el botón Upload agregas archivos que se encuentran en otra parte de tu computadora a este directorio. Para cerrar Jupyter Notebook, presiona el botón Quit y posteriormente cierra la pestaña o ventana de tu navegador web.

Para desactivar el ambiente riiaa19 de Anaconda simplemente haz

conda deactivate

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