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## PATHS AND SETTINGS
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BOWTIE_PATH = /bioinfo/local/build/Centos/bowtie/bowtie-1.2/bin/
BOWTIE2_PATH = /bioinfo/local/build/Centos/bowtie2/bowtie2-2.2.9/
SAMTOOLS_PATH = /bioinfo/local/build/Centos/samtools/samtools-1.3/bin/
BEDTOOLS_PATH = /bioinfo/local/build/Centos/bedtools/bedtools-2.27.1/bin/
PYTHON_PATH = /bioinfo/local/build/Centos/python/python-2.7.13/bin/
R_PATH = /bioinfo/local/build/Centos/R/R-3.5.0/bin/
FASTX_PATH = /bioinfo/local/build/fastx_toolkit_0.0.13/
STAR_PATH = /bioinfo/local/build/Centos/STAR/STAR-2.7.5a/bin/Linux_x86_64/
BWA_PATH = /bioinfo/local/build/Centos/bwa/bwa-0.7.15/
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## CLUSTER PARAMETERS
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NB_PROC = 8
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## PROJECT SPECIFIC PARAMETERS
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ANNOT = {genome_assembly}
DESIGN_TYPE = {design_type}
MARK = {mark}
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## BARCODE MAPPING
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BARCODE_LENGTH = {barcode_length}
BARCODE_LINKER_LENGTH = {barcode_linker_length}
BARCODE_MAPPING_OPTS = {barcode_mapping_options}
BARCODE_BOWTIE_IDX_PATH = {barcode_bowtie_index_path}
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## GENOME MAPPING
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# by default, override with --override MAPPER="BWA" for bwa mem
MAPPER="STAR"
#STAR
GENOME_MAPPING_OPTS_STAR = {genome_mapping_options_star}
GENOME_IDX_PATH_STAR = {genome_index_path_star}
#BWA MEM
GENOME_MAPPING_OPTS_BWA = {genome_mapping_options_bwa}
GENOME_IDX_PATH_BWA = {genome_index_path_bwa}
#BOWTIE MAPPING (disabled by default, override with "STRINGENT_MULTIMAP = TRUE")
STRINGENT_MULTIMAP = FALSE
GENOME_MAPPING_OPTS_BOWTIE1 = "-S -m1"
GENOME_IDX_PATH_BOWTIE1 = {genome_index_path_bowtie1}
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## DUPLICATE REMOVAL
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REMOVE_RT_DUPLICATES = {remove_RT_duplicates}
REMOVE_BY = {remove_by}
DUPLICATES_WINDOW = {window_size}
#Filtering
ENCODE_BLACKLIST = {encode_blacklist}
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## COUNTING
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MIN_COUNT_PER_BARCODE_AFTER_RMDUP = {min_count_per_barcode_after_rmdup}
BIN_SIZE = {bin_size}
BED_FEATURES = {bed_features}
TMP_DIR = /scratch/
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## DOWNSTREAM ANALYSIS
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N_CLUSTER = {R_n_cluster}
MIN_PERCENT_COR = {R_min_percent_cov}
MIN_COV = {R_min_cov}