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#!/usr/bin/env nextflow
/*
#==============================================
# params
#==============================================
*/
params.spadesResults = 'results/spades/*_scaffolds.fasta'
params.resultsDir = 'results/prokka'
params.saveMode = 'copy'
/*
#==============================================
# read genomes
#==============================================
*/
Channel.fromPath("""${params.spadesResults}""")
.into { ch_in_prokka }
/*
#==============================================
# prokka
#==============================================
*/
process prokka {
publishDir params.resultsDir, mode: params.saveMode
container 'quay.io/biocontainers/prokka:1.14.6--pl526_0'
input:
path bestContig from ch_in_prokka
output:
path("""${genomeName}""") into ch_out_prokka
script:
genomeName = bestContig.getName().split("\\_")[0]
"""
prokka --outdir ./${genomeName} --prefix $genomeName ${bestContig}
"""
}
/*
#==============================================
# extra
#==============================================
*/