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--- a/CHANGELOG.md
+++ b/CHANGELOG.md
@@ -8,6 +8,9 @@ The meaning of each entry is user-based and can be found in our
## [Unreleased]
+
+## [1.5.2]
+
### Fixed
- Allow special characters in advance java-property for barcode sequence/quality separators
@@ -305,3 +308,4 @@ First pre-release
[1.4.1]: https://github.com/magicDGS/ReadTools/releases/tag/1.4.1
[1.5.0]: https://github.com/magicDGS/ReadTools/releases/tag/1.5.0
[1.5.1]: https://github.com/magicDGS/ReadTools/releases/tag/1.5.1
+[1.5.2]: https://github.com/magicDGS/ReadTools/releases/tag/1.5.2
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@@ -1,6 +1,6 @@
ReadTools:
- version: 1.5.1
- timestamp: 27-49-2018 03:49:16
+ version: 1.5.2
+ timestamp: 30-57-2018 12:57:55
tools:
- group: Diagnostics and Quality Control
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index 591c7be9..9a628451 100644
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+++ b/docs/javadoc/allclasses-frame.html
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-
-All Classes (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+All Classes (ReadTools 1.5.2 API)
+
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index 842708aa..fe3e2c09 100644
--- a/docs/javadoc/allclasses-noframe.html
+++ b/docs/javadoc/allclasses-noframe.html
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-
-All Classes (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+All Classes (ReadTools 1.5.2 API)
+
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index 54592e6b..aed62cbf 100644
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@@ -2,9 +2,9 @@
-
-Constant Field Values (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+Constant Field Values (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
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@@ -12,7 +12,7 @@
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@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
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@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/cmd/argumentcollections/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/cmd/argumentcollections/package-summary.html
index 8328a33c..7af445da 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/cmd/argumentcollections/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/cmd/argumentcollections/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
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-
+
+org.magicdgs.readtools.cmd.argumentcollections (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/cmd/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/cmd/package-summary.html
index 2802a88f..2930cdc1 100644
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@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.cmd (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.cmd (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/cmd/plugin/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/cmd/plugin/package-summary.html
index 6fa1c0cc..615c8e95 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/cmd/plugin/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/cmd/plugin/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.cmd.plugin (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.cmd.plugin (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
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@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/cmd/programgroups/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/cmd/programgroups/package-summary.html
index 8d3e48f2..9f56ecd4 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/cmd/programgroups/package-summary.html
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+
+org.magicdgs.readtools.cmd.programgroups (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/documentation/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/documentation/package-summary.html
index cef75239..35459e60 100644
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@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.documentation (ReadTools 1.5.1 API)
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+org.magicdgs.readtools.documentation (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/engine/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/engine/package-summary.html
index 8a967594..fa5d9f2b 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/engine/package-summary.html
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-
-org.magicdgs.readtools.engine (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.engine (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/engine/sourcehandler/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/engine/sourcehandler/package-summary.html
index 331cf1ab..3ed3c77f 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/engine/sourcehandler/package-summary.html
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@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/exceptions/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/exceptions/package-summary.html
index cd3f0eb8..86bba77f 100644
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@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/metrics/barcodes/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/metrics/barcodes/package-summary.html
index a8c1983f..75373224 100644
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@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/metrics/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/metrics/package-summary.html
index 4e768b7b..351138ae 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/metrics/package-summary.html
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@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/package-summary.html
index 796d53f2..2879b707 100644
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@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/barcodes/dictionary/decoder/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/barcodes/dictionary/decoder/package-summary.html
index 5a924be4..1e3bd7ef 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/barcodes/dictionary/decoder/package-summary.html
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-
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@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/barcodes/dictionary/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/barcodes/dictionary/package-summary.html
index ef72a266..d8b74edc 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/barcodes/dictionary/package-summary.html
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@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/barcodes/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/barcodes/package-summary.html
index 304b5418..ea86c0bf 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/barcodes/package-summary.html
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@@ -12,7 +12,7 @@
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@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/conversion/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/conversion/package-summary.html
index 72c36bb6..1dcf3893 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/conversion/package-summary.html
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@@ -12,7 +12,7 @@
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index f381f056..93ca1160 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/distmap/package-summary.html
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@@ -12,7 +12,7 @@
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index d661b1d4..3cba4fc5 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/mappability/gem/package-summary.html
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index a898f893..f7b7e907 100644
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index a06c7693..eea17f13 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/tools/trimming/package-summary.html
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@@ -12,7 +12,7 @@
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index b4720292..a99528bb 100644
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index 9d283036..8de8f92f 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/iterators/package-summary.html
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index 923cbfdf..c2911d34 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/iterators/paired/package-summary.html
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-
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index 8c2a9abc..6aacea5b 100644
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@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/math/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/math/package-summary.html
index aeb51cdf..edc2eea8 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/math/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/math/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.utils.math (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.utils.math (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/package-summary.html
index a28e0b21..32344c07 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.utils (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.utils (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/filter/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/filter/package-summary.html
index 2c928151..d9568a76 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/filter/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/filter/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.utils.read.filter (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.utils.read.filter (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/package-summary.html
index 16a859ab..c96ba050 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.utils.read (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.utils.read (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/engine/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/engine/package-summary.html
index 567a875e..06a0db59 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/engine/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/engine/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.utils.read.stats.engine (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.utils.read.stats.engine (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/package-summary.html
index b4118c29..490cf5db 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.utils.read.stats (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.utils.read.stats (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/pairstat/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/pairstat/package-summary.html
index a739b557..61b91292 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/pairstat/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/pairstat/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.utils.read.stats.pairstat (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.utils.read.stats.pairstat (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/singlestat/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/singlestat/package-summary.html
index a68a97be..2b213bd2 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/singlestat/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/singlestat/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.utils.read.stats.singlestat (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.utils.read.stats.singlestat (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/barcodes/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/barcodes/package-summary.html
index 6f88ab75..6a8600f0 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/barcodes/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/barcodes/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.utils.read.transformer.barcodes (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.utils.read.transformer.barcodes (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/package-summary.html
index b81ec502..36c49d75 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.utils.read.transformer (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.utils.read.transformer (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/trimming/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/trimming/package-summary.html
index 70172fc3..41ff0877 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/trimming/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/trimming/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.utils.read.transformer.trimming (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.utils.read.transformer.trimming (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/writer/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/writer/package-summary.html
index 9d60e9d9..0f2f3e6d 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/writer/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/writer/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.utils.read.writer (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.utils.read.writer (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/trimming/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/trimming/package-summary.html
index 1287de51..23267fb6 100644
--- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/trimming/package-summary.html
+++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/trimming/package-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-org.magicdgs.readtools.utils.trimming (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+org.magicdgs.readtools.utils.trimming (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
diff --git a/docs/javadoc/overview-summary.html b/docs/javadoc/overview-summary.html
index 88893891..d6d81938 100644
--- a/docs/javadoc/overview-summary.html
+++ b/docs/javadoc/overview-summary.html
@@ -2,9 +2,9 @@
-
-Overview (ReadTools 1.5.1 API)
-
+
+Overview (ReadTools 1.5.2 API)
+
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@
@@ -12,7 +12,7 @@