diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 17853683..c33c51fa 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -8,6 +8,9 @@ The meaning of each entry is user-based and can be found in our ## [Unreleased] + +## [1.5.2] + ### Fixed - Allow special characters in advance java-property for barcode sequence/quality separators @@ -305,3 +308,4 @@ First pre-release [1.4.1]: https://github.com/magicDGS/ReadTools/releases/tag/1.4.1 [1.5.0]: https://github.com/magicDGS/ReadTools/releases/tag/1.5.0 [1.5.1]: https://github.com/magicDGS/ReadTools/releases/tag/1.5.1 +[1.5.2]: https://github.com/magicDGS/ReadTools/releases/tag/1.5.2 diff --git a/docs/_data/index.yml b/docs/_data/index.yml index 583e4ff0..da256ab9 100644 --- a/docs/_data/index.yml +++ b/docs/_data/index.yml @@ -1,6 +1,6 @@ ReadTools: - version: 1.5.1 - timestamp: 27-49-2018 03:49:16 + version: 1.5.2 + timestamp: 30-57-2018 12:57:55 tools: - group: Diagnostics and Quality Control diff --git a/docs/javadoc/allclasses-frame.html b/docs/javadoc/allclasses-frame.html index 591c7be9..9a628451 100644 --- a/docs/javadoc/allclasses-frame.html +++ b/docs/javadoc/allclasses-frame.html @@ -2,9 +2,9 @@ - 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-org.magicdgs.readtools.utils.math (ReadTools 1.5.1 API) - + +org.magicdgs.readtools.utils.math (ReadTools 1.5.2 API) + @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/package-summary.html index a28e0b21..32344c07 100644 --- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/package-summary.html +++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/package-summary.html @@ -2,9 +2,9 @@ - -org.magicdgs.readtools.utils (ReadTools 1.5.1 API) - + +org.magicdgs.readtools.utils (ReadTools 1.5.2 API) + @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/filter/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/filter/package-summary.html index 2c928151..d9568a76 100644 --- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/filter/package-summary.html +++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/filter/package-summary.html @@ -2,9 +2,9 @@ - -org.magicdgs.readtools.utils.read.filter (ReadTools 1.5.1 API) - + +org.magicdgs.readtools.utils.read.filter (ReadTools 1.5.2 API) + @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/package-summary.html index 16a859ab..c96ba050 100644 --- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/package-summary.html +++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/package-summary.html @@ -2,9 +2,9 @@ - -org.magicdgs.readtools.utils.read (ReadTools 1.5.1 API) - + +org.magicdgs.readtools.utils.read (ReadTools 1.5.2 API) + @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/engine/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/engine/package-summary.html index 567a875e..06a0db59 100644 --- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/engine/package-summary.html +++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/engine/package-summary.html @@ -2,9 +2,9 @@ - -org.magicdgs.readtools.utils.read.stats.engine (ReadTools 1.5.1 API) - + +org.magicdgs.readtools.utils.read.stats.engine (ReadTools 1.5.2 API) + @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/package-summary.html index b4118c29..490cf5db 100644 --- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/package-summary.html +++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/package-summary.html @@ -2,9 +2,9 @@ - -org.magicdgs.readtools.utils.read.stats (ReadTools 1.5.1 API) - + +org.magicdgs.readtools.utils.read.stats (ReadTools 1.5.2 API) + @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/pairstat/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/pairstat/package-summary.html index a739b557..61b91292 100644 --- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/pairstat/package-summary.html +++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/pairstat/package-summary.html @@ -2,9 +2,9 @@ - -org.magicdgs.readtools.utils.read.stats.pairstat (ReadTools 1.5.1 API) - + +org.magicdgs.readtools.utils.read.stats.pairstat (ReadTools 1.5.2 API) + @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/singlestat/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/singlestat/package-summary.html index a68a97be..2b213bd2 100644 --- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/singlestat/package-summary.html +++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/stats/singlestat/package-summary.html @@ -2,9 +2,9 @@ - -org.magicdgs.readtools.utils.read.stats.singlestat (ReadTools 1.5.1 API) - + +org.magicdgs.readtools.utils.read.stats.singlestat (ReadTools 1.5.2 API) + @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/barcodes/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/barcodes/package-summary.html index 6f88ab75..6a8600f0 100644 --- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/barcodes/package-summary.html +++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/barcodes/package-summary.html @@ -2,9 +2,9 @@ - -org.magicdgs.readtools.utils.read.transformer.barcodes (ReadTools 1.5.1 API) - + +org.magicdgs.readtools.utils.read.transformer.barcodes (ReadTools 1.5.2 API) + @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/package-summary.html index b81ec502..36c49d75 100644 --- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/package-summary.html +++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/package-summary.html @@ -2,9 +2,9 @@ - -org.magicdgs.readtools.utils.read.transformer (ReadTools 1.5.1 API) - + +org.magicdgs.readtools.utils.read.transformer (ReadTools 1.5.2 API) + @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/trimming/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/trimming/package-summary.html index 70172fc3..41ff0877 100644 --- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/trimming/package-summary.html +++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/transformer/trimming/package-summary.html @@ -2,9 +2,9 @@ - -org.magicdgs.readtools.utils.read.transformer.trimming (ReadTools 1.5.1 API) - + +org.magicdgs.readtools.utils.read.transformer.trimming (ReadTools 1.5.2 API) + @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/writer/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/writer/package-summary.html index 9d60e9d9..0f2f3e6d 100644 --- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/writer/package-summary.html +++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/read/writer/package-summary.html @@ -2,9 +2,9 @@ - -org.magicdgs.readtools.utils.read.writer (ReadTools 1.5.1 API) - + +org.magicdgs.readtools.utils.read.writer (ReadTools 1.5.2 API) + @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ diff --git a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/trimming/package-summary.html b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/trimming/package-summary.html index 1287de51..23267fb6 100644 --- a/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/trimming/package-summary.html +++ b/docs/javadoc/org/magicdgs/readtools/utils/trimming/package-summary.html @@ -2,9 +2,9 @@ - -org.magicdgs.readtools.utils.trimming (ReadTools 1.5.1 API) - + +org.magicdgs.readtools.utils.trimming (ReadTools 1.5.2 API) + @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ diff --git a/docs/javadoc/overview-summary.html b/docs/javadoc/overview-summary.html index 88893891..d6d81938 100644 --- a/docs/javadoc/overview-summary.html +++ b/docs/javadoc/overview-summary.html @@ -2,9 +2,9 @@ - -Overview (ReadTools 1.5.1 API) - + +Overview (ReadTools 1.5.2 API) + @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@ @@ -12,7 +12,7 @@