mapping_with_@RG.md

post for bowtie1

Example:
--sam-RG ID:HWI-SN957Lane7 --sam-RG SM:ZEN456A1 --sam-RG LB:ZEN456A1LI5 --sam-RG PI:400 --sam-RG PL:ILLUMINA

for bowtie2

--rg-id HWI-SN957Lane7 --rg SM:ZEN456A1 --rg LB:ZEN456A1LI5 --rg PI:400 --rg PL:ILLUMINA

for BWA

bwa mem -aM -R "@RG\tID:Seq01p\tSM:Seq01\tPL:ILLUMINA\tPI:330" Refgen Seq01pair1.fastq Seq01pair2.fastq > Seq01pairs.sam

add @RG post-alignment

use picard or samtools merge